Po okresie komunizmu, gdy jedyną możliwością pracy była praca w parafiach, pojawiają się nowe pola i perspektywy pracy. Zakonnicy wrócili do pracy wychowawczej wśród młodzieży. Powstały liczne ośrodki kształcenia i wychowania, takie jak szkoły różnego rodzaju i stopnia, bursy, internaty, ośrodki wychowawcze. W grudniu 1997, na 185 szkół katolickich w Polsce, 31 prowadzili salezjanie.

Obecnie w Polsce jedyne salezjańskie wyższe seminarium duchowne znajduje się w Krakowie. Do roku 2008 klerycy kształcili się również w WSD w Łodzi, a do roku 2023 w WSD w Lądzie nad Wartą.

W 1999 r. papież Jan Paweł II w grupie 108 polskich męczenników beatyfikował salezjanina ks. Józefa Kowalskiego, zamordowanego przez Niemców w KL Auschwitz, oraz pięciu młodych wychowanków Salezjańskiego Oratorium św. Jana Bosko w Poznaniu, zgilotynowanych w 1942 r. w Dreźnie. Z kolei w grupie 122 męczenników, których proces beatyfikacyjny jest prowadzony od 2003 r., znajdują się ks. Jan Świerc i ks.