Inny problem stanowił sprzeciw pruskich władz wojskowych dla budowy kolei w pobliżu twierdz, w tym Twierdzy Kłodzkiej.
Problem negatywnego stanowiska Austrii wobec budowy kolejowych przejść granicznych rozwiązało zakończenie wojny prusko-austriackiej, które nastąpiło pokojem praskim, w praktyce eliminującym Austrię ze współdecydowania o państwach niemieckich i stawiających Prusy na uprzywilejowanej pozycji. Wojna potwierdziła przydatność kolei w prowadzeniu operacji wojskowych, co z kolei spowodowało zmianę nastawienia i odblokowanie przez wojsko budowy linii w pobliżu twierdz. Aktualna pozostała natomiast kwestia kosztownego przeprowadzenia Śląskiej Kolei Górskiej przez Góry Sowie. Państwo pruskie rozważało trasowanie kolei inną drogą, przez Broumov, co spotkało się z protestem reprezentantów ziemi kłodzkiej w sejmie pruskim. Ministerstwo handlu uwzględniło postulat, jeszcze w grudniu 1866 r. przysyłając do Kłodzka swoich reprezentantów celem ustalenia z władzami cywilnymi i wojskowymi miejsca ulokowania dworca kolejowego. Niebawem podjęto