Historia Wieś wzmiankowana w 1317. Już od tego momentu w rękach rodu, który ostatecznie przyjął nazwisko Firlej. W 1330 lokacja na prawie magdeburskim. Około 1550 roku Markuszów uzyskał prawa miejskie, potwierdzone i rozszerzone w 1686. W 1630 pojawia się pierwsza wzmianka o markuszowskich Żydach. W 1661 r. było ich 9, w 1756 r. 356, zaś w 1827 r. 343, co stanowiło 42,5% ogółu mieszkańców. Tutejsza gmina żydowska uzyskała w 1681 r. zezwolenie na wybudowanie synagogi. Żydzi z Markuszowa mieli także swoje cmentarze - stary i nowy. Jako miasto prywatne, po Firlejach przeszedł Markuszów na dłużej wraz z okolicznymi dobrami w ręce Sobieskich, by następnie zmieniać właścicieli.
Podczas wojny w obronie Konstytucji 3 maja nieopodal odbyła się bitwa wojsk polskich z najeźdźcami rosyjskimi. Kolejna bitwa odbyła się tu podczas powstania listopadowego, w pobliskich miejscowościach walczono również podczas powstania styczniowego.
Te ostatnie wydarzenia skutkowały odebraniem praw miejskich, podobnie jak w przypadku wielu innych polskich miejscowości.