W kraju znajdują się liczne jeziora, głównie lagunowe. Jednak w centrum Urugwaju leży największe jezioro Río Negro (1 400 km²), utworzone poprzez wybudowanie wielkiej zapory Rincón del Bonete na rzece Negro. W wyniku budowy zapory, jezioro stało się zbiornikiem i jego pełna nazwa brzmi: Embalse del Río Negro. Obecna powierzchnia tego zbiornika wynosi aż 4 100 km². Największym jeziorem lagunowym jest Mirim, częściowo położone w Brazylii.
Gleby Gleby Urugwaju są żyzne, przeważają czerwono czarne i czarnoziemne gleby stepowe, oraz czarnoziemny wykształcone na podłożu lessowym. Lokalnie w kraju występują gleby o dużym stopniu zasolenia, ponadto tereny pokrywają gleby glejowe i łąkowo-bagienne, które mają niewielką przydatność rolniczą.
340px|right|thumb|Las parkowy w Urugwaju Flora Naturalną szatę roślinną Urugwaju tworzą bezdrzewne, trawiaste stepy zwane pampa. Przeważająca część kraju jest pokryta tzw. pampą pagórkowatą, która jest zbliżona pod względem gatunkowym do brazylijskich campos limpos i argentyńskiej pampy równinnej. Obszar pampy ku północy przechodzi w widne lasy parkowe, zaś w północno-zachodniej części kraju w brazylijską sawannę zwaną campos. Tereny urugwajskiej pampy porastają liczne rośliny kwietne jak mirt, mimoza, rozmaryn i szkarłat.