Po 1989 Fundacja zajmowała się między innymi łagodzeniem sporów między cerkwiami prawosławnymi a odradzającymi się we wschodniej Europie kościołami unickimi.
Podobną rolę odegrała Fundacja w dialogu ekumenicznym z kościołami przedchalcedońskimi. W latach 1971–1988 były prowadzone nieoficjalne konsultacje z tymi kościołami. Potem w latach 1991-2004 nastąpiła seria oficjalnych sympozjów i seminariów teologicznych. Spotkania te zakończyły się w 2004, gdy patriarchowie kościołów przedchalcedońskich na spotkaniu w Kairze zadecydowali o rozpoczęciu oficjalnego dialogu teologicznego z kościołem katolickim. Fundacja wspiera ten dialog, umożliwiając towarzyszące mu nieoficjalne rozmowy i spotkania.
Wciąż są w toku prowadzone przez Fundację nieoficjalne konsultacje teologiczne z kościołem nestoriańskim. Spotkania teologów katolickich i nestoriańskich zaczęły się na gruncie nieoficjalnym w 1984. W ich wyniku w 1994 została ogłoszona wspólna deklaracja chrystologiczna papieża Jana Pawła II i patriarchy Mar Dinkhy IV.