Życie prywatne Przyszłego męża – księcia Fryderyka – poznała w pubie Slipp Inn w Sydney w czasie Igrzysk Olimpijskich 2000. Książę przebywał tam ze swoimi kuzynami, m.in. księciem greckim Mikołajem i norweską księżniczką Märthą Luisą, oraz bratem - Joachimem. Po zakończeniu igrzysk książę Fryderyk wrócił do Danii, Maria została w Australii, ale znajomość była kontynuowana za pomocą rozmów telefonicznych, listów, e-maili. W miarę możliwości para odwiedzała się w swoich ojczystych krajach. W grudniu 2001 roku Maria podjęła pracę w Paryżu. Do Danii przeniosła się w sierpniu 2002 roku, gdzie od 4 września pracowała w Navision/Microsoft.Została umieszczona na liście najlepiej ubranych osób 2010 roku przez Vanity Fair.
Na podstawie historii jej miłości do księcia Fryderyka powstał film Jak zostać księżną? (ang. Mary: The Making of a Princess). W rolę Marii Donaldson wcieliła się Emma Hamilton.
W 2016 roku została wydana biografia Marii autorstwa Helle Bygum, Maria – księżniczka serca.
Zaręczyny i ślub Zaręczyny ogłoszono 8 października 2003, a ślub odbył się 14 maja 2004 w katedrze kopenhaskiej. Maria jako przyszła królowa Danii zrzekła się obywatelstwa Australii i przystąpiła do Kościoła Luterańskiego (z Prezbiteriańskiego).
Wraz z mężem ma czworo dzieci: