Celem kontroli zarządczej jest zapewnienie w szczególności: zgodności działalności z przepisami prawa oraz procedurami wewnętrznymi; skuteczności i efektywności działania; wiarygodności sprawozdań; ochrony zasobów; przestrzegania i promowania zasad etycznego postępowania; efektywności i skuteczności przepływu informacji; zarządzania ryzykiem.
Dokumentowanie systemu kontroli zarządczej W art. 70 ustawy o finansach publicznych wskazano dokumenty, które sporządza minister kierujący działem administracji publicznej. Są to: roczny plan działalności, wskazujący konkretne cele „w ramach poszczególnych zadań budżetowych wraz ze wskazaniem podzadań służących osiągnięciu celów oraz mierniki określające stopień realizacji celu i ich planowane wartości”; sprawozdanie z wykonania planu działalności; oświadczenie o stanie kontroli zarządczej – tj. indywidualna samoocena świadomego osiągania rezultatów oraz działań, podjętych dla osiągnięcia rozsądnego poziomu pewności, że jednostka funkcjonuje legalnie, efektywnie, oszczędnie oraz terminowo. Ustawodawca wskazuje także, że minister kierujący działem może zobowiązać kierownika jednostki w dziale do: