Bliscy pisarza dowiedzieli się o jego aresztowaniu dopiero po dwóch tygodniach.
17–21 grudnia 1979 został osadzony w więzieniu, skazany na 6 lat pozbawienia wolności w obozach zaostrzonego reżimu oraz na 3 lata zsyłki. Uznany został za szczególnie niebezpiecznego recydywistę. 14 marca 1984 został ułaskawiony.
17 maja 1984 w gazecie „Literaturna Ukraina” ukazał się pełen skruchy artykuł Berdnyka, w którym Ruch Helsiński nazwany został tworem CRU, a Rudenko i Łukianenko, „gdyby w nich było prawdziwe męstwo, dawno zeszliby ze szlaku antypatriotyzmu i dobrowolnej izolacji”.
16 grudnia 1989 Berdnyk zostaje przewodniczącym związku humanistycznego Ukraińska Duchowa Republika, wydał gazety Święta Ukraina i Zgoda.
Jesienią 1991 wysunięty (ale nie zarejestrowany) został na kandydata na prezydenta Ukrainy. 18 września 2003 zmarł, pochowany został we wsi Hrebeni na Kijowszczyźnie, na terenie swojej daczy.