Biolog z University of Florida, Steven A. Benner, wyraził przypuszczenie, że wobec niskiej stabilności wiązań arsenoestrowych arsen nie był wbudowany w DNA, a raczej w inne cząsteczki, jak np. lipidy, gdzie byłby stabilny. DNA miałoby zawierać fosfor pochodzący z pożywki, gdzie wciąż był obecny w śladowych ilościach (głównie jako zanieczyszczenie innych soli dodawanych do pożywki), a arsen miałby tylko oddziaływać z DNA w bliżej nieokreślony sposób. Także inni naukowcy sugerowali, że przedstawione wyniki oznaczają, że arsen jest wchłaniany i neutralizowany przez GFAJ-1, ale do wzrostu wykorzystują one obecny w śladowych ilościach fosfor. Według wyników zaprezentowanych w samej publikacji, arsenu w DNA było wciąż 26 razy mniej niż fosforu.
Biochemik z Florida International University w Miami Barry Rosen wyraził przypuszczenie, że wykryty arsen nie był wbudowany do biocząsteczek, lecz znajdował się w wakuolach, gdzie był gromadzony przez bakterie w celu neutralizacji. Z kolei mikrobiolog z University of British Columbia, Rosemary Redfield, stwierdziła, że przedstawiona publikacja nie zawiera żadnych przekonujących dowodów na wbudowywanie arsenu w DNA czy inne cząsteczki i zasugerowała ponadto, że eksperymenty nie zostały skonfrontowane z odpowiednimi eksperymentami kontrolnymi, co umożliwiałoby poprawną interpretację wyników.