W 1944 roku zapisał się do Morehouse College. Jej dyrektorem był Benjamin Mays, który w przeszłości spotkał Mahatmę Gandhiego, przez co wywarł duży wpływ na Kinga i innych uczniów. Dwa lata później napisał list otwarty do wydawcy gazety „Atlanta Constitution” z powodu zabójstwa trojga czarnoskórych: weterana wojennego Snipesa i pary małżeńskiej. W liście wyraził postulat równego dostępu do edukacji, opieki zdrowotnej, ochrony życia i pracy. Zdecydował się zostać duchownym protestanckim i 4 lutego 1948 roku został ordynowany. Trzy tygodnie później został przyjęty do Crozer Theological Seminary w Chester. Uzyskiwał bardzo dobre wyniki w nauce, co potwierdził dziekan w liście do rodziców Kinga.
Podczas pobytu w seminarium zauważał istniejące różnice społeczne i wynikające z nich niesprawiedliwości, a także zapoznał się z pismami Karla Marxa, Waltera Rauschenbuscha i Reinholda Niebuhra. Usłyszał także o ruchu satjagraha, propagowanym przez Gandhiego. Jego strategia non violence wywarła duży wpływ na młodego pastora. W 1951 roku ukończył seminarium i rozpoczął teologiczne studia doktoranckie na Boston University’s School of Theology.