We wrześniu 1939 roku w dywizjonach bombowych RAF znajdowało się już 212 samolotów Hampden, których używano do minowania wód przybrzeżnych Niemiec w operacjach o nazwie kodowej Gardening (eng. uprawa ogródka), później brały udział w misjach bombowych. Pierwsze loty bojowe wykonały Hampdeny ze 144. Dywizjonu bombowego w dniu 29 września 1939 roku, atakując niemieckie okręty koło wyspy Helgoland. W dniu 18 grudnia 1939 roku samoloty te, wspólnie z samolotami Vickers Wellington, bombardowały lotniska na terenie Niemiec. W dniach 19–20 marca 1940 roku samoloty Hampden wzięły udział w bombardowaniu niemieckiej wyspy Sylt.
Ze względu na bardzo słabe uzbrojenie obronne i ponoszone w związku z tym duże straty, już w grudniu 1939 rozpoczęto wycofywanie ich z dziennych misji bombowych. W ramach przeróbek do roli bombowca nocnego zmodyfikowano układ wydechowy na tłumiący płomienie wylotowe, zamontowano opancerzenie dla załogi oraz ulepszono uzbrojenie obronne przez zamontowanie podwójnych sprzężonych karabinów Vickersa w obu stanowiskach strzeleckich (w stanowisku dziobowym pozostał jeden Vickers). Na początku 1940 bombowce Hampden zrzucały ulotki nad terytorium Niemiec, a później wykonywały standardowe bombardowania, oraz misje stawiania min.