Podpisywanie wiadomości w schemacie mRSA Protokół składania podpisu przez użytkownika przebiega następująco: Karta nawiązuje bezpieczne połączenie z mediatorem (bezpieczny kanał komunikacyjny). Użytkownik przy użyciu swojej karty (zapisanego na karcie prywatnego składnika klucza do podpisu) składa tzw. podpis częściowy pod wiadomością (wykonuje algorytm pre-podpisu): oblicza skrót oraz pre-podpis Użytkownik wysyła do mediatora pakiet zawierający następujące dane: skrót podpisywanej wiadomości, podpis częściowy certyfikat Alternatywnie: certyfikat klucza publicznego może być ustalony przez system mediatora na podstawie przeprowadzanego wcześniej protokołu uwierzytelniania karty wobec systemu mediatora. Jeżeli karta nie została wcześniej zablokowana, oraz jeżeli nie minął termin jej ważności, mediator wykonuje algorytm finalizujący: Po jego wykonaniu mediator przeprowadza procedurę weryfikacji sfinalizowanego podpisu dla wartości skrótu podpisywanej wiadomości: jeśli do wykonania podpisu częściowego rzeczywiście użyto składnika klucza prywatnego przechowywanego przez kartę, to sfinalizowany podpis jest poprawny.