W czasie trwania tego sezonu klub poniósł ciężką stratę, gdy dnia 29 stycznia 2001 zginął w wypadku samochodowym jeden z najwybitniejszych piłkarzy klubu – Pablo Hernán Gómez.
thumb|300px|Estadio Hidalgo, domowy obiekt CF Pachuca.
W końcu 2001 roku Javier Aguirre wybrany został przez Meksykański Związek Piłki Nożnej na trenera narodowej reprezentacji Meksyku, biorącej udział w eliminacjach do finałów Mistrzostwa Świata w Korei i Japonii. Nowym trenerem klubu został Alfredo Tena, który poprowadził drużynę w zimowym turnieju Invierno 2001. Drużyna dotarła do finału, gdzie zmierzyła się z Tigres UANL. Po meczu na Estadio Universitario klub świętował zdobycie kolejnego tytułu mistrza Meksyku.
W roku 2001 Pachuca była pierwszym klubem meksykańskim, który świętował stulecie swego istnienia. Dwa lata później klub sięgnął po kolejny tytuł mistrza, znów pokonując w finale Tigres UANL. W tym okresie trenerem drużyny był Víctor Manuel Vucetich. Powyższe sukcesy sprawiły, że klub Pachuca stał się jednym z bardziej cenionych klubów meksykańskich.
Po nieco słabszym okresie Pachuca wygrała turniej Clausura 2006 pokonując w finale San Luis. Był to pierwszy przypadek, kiedy Pachuca zdobyła mistrzostwo Meksyku na własnym stadionie.