W 642 roku upadła stołeczna Aleksandria, a w 645 cały Egipt znalazł się pod panowaniem arabskim. 240px|thumb|left|Podboje arabskie
Panowanie arabskie (640–1250) Egipt częścią imperium arabskiego (640–868)
Arabski podbój Egiptu okazał się trwały ponieważ najeźdźcy nie prześladowali w tym czasie egipskich chrześcijan – co zdarzało się ze strony Konstantynopola, który usiłował strzec prawowierności w całym imperium. W pierwszym okresie, gdy imperium zachowywało jedność Egipt był tylko jedną z wielu jego prowincji. Stolicą Kalifatu został najpierw, za dynastii Umajjadów Damaszek (661–750), a po zwycięstwie Abbasydów został nią bardziej odległy od Egiptu Bagdad (750–868). Wielki rozrost terytorialny imperium arabskiego i różnorodność ludów je zamieszkujących kryły w sobie zalążki jego szybkiego rozpadu. Niemniej Egipt był w tym czasie na tyle ważną i nieperyferyjną prowincją, że utrudniało to jego ewentualne uniezależnienie się. W okresie tym nastąpiła dość szybka islamizacja kraju, choć chrześcijanie egipscy obrządku koptyjskiego nie zostali nigdy nawróceni do końca i do dziś stanowią ok. 10% ludności Egiptu. Muzułmańscy zdobywcy Egiptu przenieśli stolicę kraju z chrześcijańskiej i greckiej Aleksandrii w głąb kraju.