Między październikiem 1941 a styczniem 1942 roku S-2 został przezbrojony. Pozostawiono działko Oerlikona na pokładzie rufowym, natomiast zdemontowano wieżyczki z karabinami maszynowymi. W zamian okręt otrzymał zdwojony wielkokalibrowy karabin maszynowy Vickers kal. 12,7 mm w wieżyczce typu Frazer-Nash, umieszczonej w osi symetrii kadłuba na nadbudówce, oraz dwa podwójne karabiny maszynowe Lewis kal. 7,7 mm na podstawach kolumnowych na burtach na wysokości stanowiska dowodzenia. Ponadto, dzięki wzmocnieniom pokładu rufowego, miał możliwość postawienia do 18 małych min morskich po 30 kg. Miny te, określane jako typ „R” były pływające, połączone linami o długości 33 m, tworzące zagrodę stawianą na kursie wrogich statków, tonącą po około godzinie.
Przebieg służby 19 lipca 1940 roku S-2 wszedł w skład międzynarodowej 3. Flotylli MA/SB (od 1941: MGB) stacjonującej w Dartmouth a następnie w Fowey i Ramsgate. Wkrótce dołączył do niego bliźniaczy S-3, a następnie także S-1. Razem utworzyły III dywizjon Flotylli, dowodzony przez podporucznika Wciślickiego, nazywanego przez Anglików z uwagi na nazwisko Captain Whisky. Do ich głównych zadań należały: osłona własnych konwojów przybrzeżnych na kanale La Manche, wypady ofensywne w kierunku wybrzeży okupowanych Belgii i Francji oraz patrolowanie brytyjskiego wybrzeża.