Jesienią 1941 roku podczas remontu S.3 został przezbrojony. Pozostawiono działko Oerlikona na pokładzie rufowym, natomiast zdemontowano wieżyczki z karabinami maszynowymi. W zamian okręt otrzymał zdwojony wielkokalibrowy karabin maszynowy Vickers kal. 12,7 mm w wieżyczce typu Frazer-Nash, umieszczonej w osi symetrii kadłuba na nadbudówce, oraz dwa podwójne karabiny maszynowe Lewis kal. 7,7 mm na podstawach kolumnowych na burtach na wysokości stanowiska dowodzenia. Ponadto, dzięki wzmocnieniom pokładu rufowego, miał możliwość postawienia do 18 małych min morskich po 30 kg. Miny te, określane jako typ „R” były pływające, połączone linami o długości 33 m. Tworzyły zagrodę stawianą na kursie wrogich statków, tonącą po około godzinie.
Służba S.3, razem z bliźniaczym S.2, wszedł po przyjęciu do służby 28 lipca 1940 roku w skład 3 Flotylli MA/SB (od 1941 roku: MGB) stacjonującej w Dartmouth, a następnie Fowey. Do podstawowych zadań działających na kanale La Manche ścigaczy należała ochrona własnych konwojów przybrzeżnych i patrole ofensywne w kierunku wybrzeży okupowanej Francji. W 1940 roku, w związku z groźbą inwazji na Anglię, S.2 i S.3 były intensywnie wykorzystywane także do patroli rozpoznawczych. Wchodząc do akcji od 14 sierpnia, S.3 odbył w tym miesiącu siedem patroli.