2011/12 29 lipca 2011 RB Lipsk zadebiutował w pucharze Niemiec DFB-Pokal, pokonując grający w Bundeslidze VfL Wolfsburg 3-2. Mecz odbył się na Red Bull Arenie, a widownia osiągnęła 31 212 widzów, a bohaterem został Daniel Frahn, który zdobył hat tricka. Polegli jednak w kolejnej rundzie z Augsburgiem.
W lidze, RB Lipsk osiągnął najwyższą wygraną w historii z SV Wilhelmshaven 8-2. Nie udało się jednak awansować, RB zajęło 3. miejsce (Bilans: 22-7-5) ze stratą 13 punktów do lidera.
2012/13 W kolejnym sezonie zespół przeniesiono przez reformę ligi do Regionalligi Nordost. Nowym dyrektorem sportowym został Ralf Rangnick, a menadżerem Alexander Zorniger.
Zespołowi udało się wygrać ligę bez porażki (Bilans: 21-9-0) i zakwalifikowało się do baraży o awans, w którym podjęło Sportfreunde Lotte. U siebie wygrali 2-0, ale w rewanżu to gracze z Lotte wygrywali 2-0 po 90 minutach. W dogrywce goście strzelili jednak 2 gole i Lipsk zapewnił sobie awans do 3. ligi.
Ponadto klub ponownie wygrał Puchar Saksonii znowu wygrywając w finale z Chemnitzer FC i gwarantując swój udział w DFB-Pokal 2013-14.
3. Liga