W delegacji kosowskiej widoczne były znaczne rozbieżności stanowisk. Zwłaszcza reprezentanci Armii Wyzwolenia Kosowa negatywnie odnosili się do planowanego odłożenia ostatecznej decyzji o losie Kosowa o trzy lata (żądali natychmiastowej niepodległości) oraz stanowczo odmawiali rozbrojenia formacji.
Druga tura rozmów rozpoczęła się 15 marca 1999 w Paryżu. W dniach między zakończeniem pierwszej i rozpoczęciem drugiej części konferencji doszło do dalszego zaognienia konfliktu serbsko-albańskiego wskutek zamachu bombowego przeprowadzonego przez Armię Wyzwolenia Kosowa. Już na początku rozmów delegacja albańska powtórzyła chęć przyjęcia porozumienia w kształcie z 23 lutego 1999. Z kolei strona serbska usztywniła swoje stanowisko, domagając się odrzucenia obydwu aneksów do tekstu (A i B) oraz artykułu interpretowanego przez Albańczyków jako zapowiedź referendum w Kosowie. Sprzeciw delegacji wzbudził również Aneks B, według którego wojska KFOR miały otrzymać pełną swobodę poruszania się po terytorium Jugosławii, co Serbowie uznali za okupację ich kraju. Zapis ten nie był obecny w dwóch pierwszych tekstach porozumienia. Delegacja serbska opowiedziała się także przeciw wprowadzeniu do Kosowa ONZ-owskiej administracji.