Od 1936 współpracował z warszawskimi pismami „Przegląd Powszechny” i „Sodalis Marianus”.
Brał udział w obronie stolicy we wrześniu 1939, kapelan-ochotnik na Mokotowie. Podczas okupacji niemieckiej używał nazwiska Stanisław Kamiński. W konspiracji działał od sierpnia 1943, w służbie duszpasterskiej Armii Krajowej. Był redaktorem Wojskowej Katolickiej Agencji Prasowej. Wziął udział w powstaniu warszawskim, gdzie był kapelanem Zgrupowania „Radosław”. 12 sierpnia 1944 był delegatem zgrupowania do Komendy Głównej AK przy ul. Barokowej, aby po raz kolejny forsować plan ewakuacji AK do Kampinosu, w celu ocalenia ludności Warszawy i zapobieżenia całkowitemu zniszczeniu miasta. 23 września 1944 ks. Józef Warszawski uratował prawie 120 osób od śmierci, przeprowadzając je przez szeregi niemieckiej karnej kompanii, uzyskał dla nich od dowództwa niemieckiego status jeńców wojennych. Po upadku powstania znalazł się w obozach przejściowych w Żyrardowie i Skierniewicach. Potem przebywał w Stalagu III A Luckenwalde i Stalagu X B Sandbostel.