Siedliska Najchętniej żeruje na płyciznach na wybrzeżach. Spotkać ją można na wilgotnych łąkach, nad jeziorami i na bagnach – od nizin po wysokość 4000 m n.p.m. Typowymi siedliskami są depresje i doliny rzeczne podnóża Andów, jeziora na płaskowyżach w Andach, pampasy Argentyny, przybrzeżne zatoki, plaże i stepy trawiaste Ameryki Południowej.
thumb|left|Czubokaczka
Zachowanie Karmi się bezkręgowcami, głównie skorupiakami i mięczakami oraz glonami na płytkich wodach. Dieta roślinna pełni jednak funkcję uzupełniającą. Unika fragmentów wybrzeża z gęstą roślinnością wodną i rozległych trzcinowisk. Gnieździ się w wysokiej trawie w pobliżu wody. Składa od 5 do 7 jaj. Poza sezonem lęgowym można spotkać na dużych jeziorach stada kaczek czubatych.
Podgatunek nominatywny prowadzi osiadły tryb życia, jedynie populacje od Talca w Chile, Mendozy w Argentynie do Ziemi Ognistej są częściowo wędrowne (zwłaszcza osobniki z wyższych wysokości). Na Falklandach jest to jedna z pospolitszych kaczek.
Głos Czubokaczki są bardzo hałaśliwe. Szczególnie często kwakanie można usłyszeć w okresie godowym i w trakcie obrony swojego terytorium. Samice tworzą wspólne stadka, nawet w czasie wysiadywania jaj. Gdy siedzą na jajach, nie wydają żadnych dźwięków, by nie zwabić drapieżnych ssaków i ptaków.