Identyfikowanie osobników przy pomocy markerów molekularnych nazywane bywa - w nawiązaniu do tradycyjnej daktyloskopii - techniką genetycznego odcisku palca lub fingerprintingiem.
Skoro markery genetyczne służą do klasyfikowania populacji lub identyfikowania pewnych osobników, to powinny być tak dobrane, aby badana populacja była pod ich względem niejednorodna - powinny wykazywać polimorfizm.
Przykłady markerów markerem transformacji, pozwalającym na wyszukanie komórek bakterii zawierających wektor genetyczny, jest oporność bakterii na antybiotyk (wytwarzanie białka unieszkodliwiającego antybiotyk, który zabija bakterie nie transformowane); markerem pozwalającym na wyszukanie bakterii, które otrzymały wektor z wklonowaną do niego wstawką obcego DNA (a nie pusty wektor) jest często barwa kolonii bakteryjnych (biała w odróżnieniu od niebieskiego zabarwienia bakterii zawierających pusty wektor; przy odpowiednich warunkach hodowli);
Funkcje markera molekularnego spełniają często charakterystyczne wyniki analiz (zwłaszcza obrazy rozdziałów elektroforetycznych) DNA.