Stosur nie pojawiła się na światowych kortach już do końca roku 2007, zajmując w listopadzie piąte miejsce w gronie deblistek całego świata. Jak się okazało, przyczyną absencji i słabych wyników po Wimbledonie była borelioza, na którą zachorowała tenisistka. Pierwsze objawy w postaci bólu głowy pojawiły się u niej już w lipcu podczas podróży z Nowego Jorku do Tampy. Australijka trafiła do szpitala, gdzie podejrzewano nawet zapalenie opon mózgowych. Treningi wznowiła w grudniu, planując powrót wraz z początkiem 2008 roku. Plany te spaliły jednak na panewce, a na tydzień przed końcem roku Stosur poinformowała, że wycofuje się zarówno z turnieju w Gold Coast, jak i Australian Open.
2008 Do rywalizacji powróciła na przełomie kwietnia i maja, startując w dwóch amerykańskich turniejach Międzynarodowej Federacji Tenisowej. W Dothan przegrała w półfinale z Varvarą Lepchenko, a w ćwierćfinale w Charlottesville z Yaniną Wickmayer. W profesjonalnej imprezie w Rzymie przeszła do drugiej rundy, podobnie na kortach Roland Garros. W Birmingham musiała startować w kwalifikacjach, przeszła je, a w drugiej rundzie uległa Katerynie Bondarenko. W Eastbourne awansowała do półfinału, pokonując po drodze Amélie Mauresmo i Caroline Wozniacki.