W roku 1944 Matka Czacka podjęła decyzję o przystąpieniu placówki w Laskach do Powstania warszawskiego. Mimo stałej obecności żołnierzy niemieckich na terenie Zakładu urządzono tu szpital powstańczy, zaopatrywano żołnierzy AK w prowiant i broń, zorganizowano skrzynki kontaktowe i łączność. Ciężkie walki w okolicach Puszczy Kampinoskiej spowodowały kolejne straty materialne w laskowskich zabudowaniach.
Okres powojenny Towarzystwo zostało formalnie reaktywowane decyzją prezydenta m. st. Warszawy z dnia 10 lutego 1947 roku i wpisane do rejestru stowarzyszeń. Przystąpiono do odbudowy zniszczeń wojennych. Niestety, na skutek reformy rolnej utracone zostały znaczne obszary ziemi uprawnej, stanowiące zasoby aprowizacyjne dla działalności Towarzystwa. Część placówek zostało upaństwowionych, inne utracone na skutek zniszczeń. Miały także miejsce działania dla przejęcia przez władze komunistyczne Zakładu w Laskach.
Towarzystwo utrzymało swoją formułę prawną i charakter ideowy dzięki determinacji osób duchownych i świeckich zaangażowanych w Dzieło Lasek. W trudnych momentach mocno wspierała autonomię organizacji hierarchia kościelna, znane osoby życia publicznego i literackiego, środowiska niewidomych.