Matrona Nikonowa przyszła na świat niewidoma. Według opracowań hagiograficznych od siódmego-ósmego roku życia posiadała dar przepowiadania przyszłości i uzdrawiania, a także czytania w myślach. Wychowana w głęboko religijnej rodzinie, spędzała wiele czasu w cerkwi. Z powodu posiadanych darów Matrona stała się znana w całej Rosji. Do domu jej rodziców przybywali chorzy z nadzieją na wyzdrowienie dzięki modlitwie dziewczynki. Dziewczynka miała również przewidzieć przyszłość kraju, w tym rewolucję październikową i jej następstwa. W wieku siedemnastu lat Matrona Nikonowa straciła władzę w nogach. Do rewolucji październikowej Matrona Nikonowa nadal zamieszkiwała w domu rodziców, razem z braćmi. Obaj wstąpili do Komunistycznej Partii Związku Radzieckiego. Mimo tego kobieta nadal przyjmowała wszystkich, którzy pragnęli zwrócić się do niej z prośbą o poradę duchową i modlitwę. Ostatecznie jednak widząc, iż bracia obawiali się represji z jej powodu ze strony władz ZSRR, a także bojąc się, by nie spadły one również na jej rodziców, Matrona Nikonowa przeprowadziła się w 1925 do Moskwy, gdzie przebywała do końca życia, mieszkając u różnych krewnych i znajomych. Według żywota świętej milicja radziecka wielokrotnie zamierzała ją aresztować.