Działalność ekumeniczna thumb|E. Czajko (z prawej) podczas Synodu Kościoła Zielonoświątkowego, 22 września 2016 Zajmował stanowisko wiceprezesa (1983–1986) i skarbnika (1986–1988) Polskiej Rady Ekumenicznej. W 1984 roku na XI Synodzie ZKE jeden z delegatów złożył wniosek o wystąpienie Kościoła z PRE. Czajko apelował o wstrzemięźliwość w tej sprawie, przekonywał, aby nie podejmować emocjonalnych decyzji. Po przemówieniu Czajki wnioskodawca wycofał swój wniosek.
Był czołowym współtwórcą Aliansu Ewangelicznego w RP i wiceprzewodniczącym jego Rady Krajowej w latach 2000−2003.
Do roku 2004 zasiadał w Komitecie Krajowym Towarzystwa Biblijnego w Polsce. Uczestniczył w drugim etapie prac nad ekumenicznym przekładem Nowego Testamentu, jako członek komisji konsultacyjnej z ramienia Kościoła Zielonoświątkowego.
Poglądy thumb|250px|Grób prezbitera Edwarda Czajko w dniu pogrzeb na cmentarzu ewangelicko-reformowanym w Warszawie Uważał, że z doktrynalnego punktu widzenia zielonoświątkowcy mogą być przedstawieni jako tzw. konserwatywni ewangelicy, charakteryzujący się zasadami teologii fundamentalistycznej.