Kilka minut po starcie kapitan Johnson zapytał przez radio kapitana Gibsona o warunki pogodowe i wysokość podstawy chmur. Gibson odpowiedział: „Jesteśmy na 6000 metrów. Powiem ci, kiedy chmury się skończą”. O 10:42 kapitan Cometa połączył się z wieżą kontroli lotów w Rzymie i przekazał informacje o swojej wysokości. Około 10:51 kapitan Gibson drugi raz połączył się z kapitanem Johnsonem: Yoke Peter do George How Jig. Odebrałeś wiado..., wiadomość urwała się w połowie zdania. Zaniepokojony kapitan Johnson wezwał wieżę kontroli lotów w Rzymie i zgłosił brak kontaktu z Cometem. Pięć minut po ostatniej wiadomości od lotu 781, kontrola bezskutecznie próbowała nawiązać łączność z odrzutowcem. O 11:15 do kontrolerów dotarła wiadomość, że niedaleko Elby do wody wpadł samolot. Niemal natychmiast na ratunek popłynęło kilka kutrów rybackich z wyspy. Na miejscu rybacy znaleźli tylko kilka ciał i niewielkie szczątki maszyny. Wyłowiono 15 z 35 ciał. Tymczasem na Heathrow wiedziano już o katastrofie i zaczęto informować bliskich pasażerów. Znalezione ciała przewieziono i złożono w kaplicy w Porto Azzurro.