Kotowski wraz z Kazimierzem Chwalibogiem Żeromskim, marszałkiem konfederacji, przebywał na zimowych kwaterach na początku 1662 w Kupiszkach koło Wiłkomierza i nawoływał do nieposłuszeństwa skonfederowanych wojsk hetmanom. Jako wróg polityki profrancuskiej w marcu 1662 został posłem na senatus consilium, przedstawiając senatorom żądania konfederatów i przekazując 30 zdobycznych chorągwi zdobytych pod Wysokiem. Brał udział w zjeździe konfederatów koronnych i litewskich w Końskowoli, gdzie 23 kwietnia postanowiono podtrzymać konfederacje wojskowe.
Latem 1662 Kotowski natrafił na poszlaki wskazujące na kontakty Żeromskiego z hetmanem Gosiewskim, który z polecenia króla dążył do rozbicia związku. Swoje podejrzenia wyjawił Janowi Świderskiemu przewodniczącemu konfederacji w Koronie, podejrzewając zdradę. Zorganizował on zjazd w Wołpie w powiecie wołkowyskim na dzień 20 listopada. W czasie zjazdu ujawnił częściowo zaszyfrowane listy Gosiewskiego do Paca, które wskazywały na próbę rozbicia konfederacji przez Gosiewskiego i Żeromskiego przy użyciu Kozaków lub Tatarów Krymskich i rokowania z carem. Ustalono, że obydwu podejrzanych należy pojmać i przesłuchać.