Najpierw 20 października 1952 przewodniczył posiedzeniu odbywającym się w trybie tajnym, które pod nieobecność oskarżonego zatwierdziło wyrok śmierci wydany wcześniej pod przewodnictwem sędzi Marii Górowskiej. Następnie 12 grudnia 1952 wraz z sędziami Gustawem Auscalerem i Igorem Andrejewem z sekcji tajnej negatywnie zaopiniował prośbę o ułaskawienie.
Jego praca w Sądzie Najwyższym była przedmiotem postępowania dyscyplinarnego wszczętego na wniosek komisji powołanej na fali października 1956 przez ministra sprawiedliwości Zofię Wasilkowską do zbadania działalności sekcji tajnych w organach sądowniczych. Choć formalnie uwolniono go od zarzutów organizacji tajnej sekcji w Sądzie Najwyższym, ustalono wyjątkową aktywną i inspirującą rolę w rozstrzyganiu spraw o charakterze politycznym. Po niepełnej analizie działalności sędziowskiej Emila Merza za rażące naruszenie prawa uznano 16 spraw. Mimo tego orzekał w Sądzie Najwyższym, aż do osiągnięcia wieku emerytalnego w 1962, gdy otrzymał rentę specjalną. Na emeryturze publikował prace i artykuły z zakresu prawa m.in. w piśmie „Państwo i Prawo”. W śledztwie w sprawie mordu sądowego na gen. Fieldorfie wszczętym w 1992 przez Główną Komisję Badania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu był jednym z podejrzanych.