Geologia Centralną, zabagnioną strefę rezerwatu zajmują gleby torfowe, przy czym w miejscach najniższych są one wytworzone z torfów torfowisk przejściowych (rozkład 10-20%, struktura kłaczkowata, barwa słomkowożółta). Wykształciły się na nich zespoły roślinne z klasy Scheuchzerio-Caricetea fuscae. W miejscach, gdzie podtopienia nie są tak intensywne powstały gleby wytworzone z torfów torfowisk wysokich (rozkład w 20-30%, struktura kłaczkowata, barwa brunatna/jasnobrunatna). Gleby te są zajęte przez zespoły roślinne torfowisk wysokich: Ledo-Sphagnetum i Eriophoro-Sphagnetum. Piaszczyste wzniesienia wokół torfowisk zajmują gleby bielicowe powstałe na bazie piasków luźnych. Ogólnie cały teren rezerwatu jest dobrze nawilgocony, mimo przeprowadzanych prac melioracyjnych, owocujących zanikaniem oczek wodnych i niewielkich bagnisk, zajętych przez karłowate sosny.
Klimat Teren rezerwatu należy do Biłgorajsko-Janowskiej Dziedziny Klimatycznej. Średnia roczna temperatura wynosi tutaj 8,6°C (w okresie wegetacyjnym jest to 14,6°C). Poziom opadów atmosferycznych to: wiosną 110 mm, latem 210 mm, jesienią 120 mm, a zimą 90 mm.