3 maja 2001 roku ETPC zaakceptował ugodę w sprawie Świadka Jehowy (Stefanov przeciwko Bułgarii). Władze ogłosiły amnestię dla wszystkich więźniów sumienia gotowych podjąć alternatywną służbę cywilną. 6 marca 2003 roku Świadkowie Jehowy zostali ponownie zarejestrowani po uchwaleniu nowej ustawy o związkach wyznaniowych. 16 kwietnia 2003 roku władze uznały Wieczerzę Pańską za oficjalne święto Świadków Jehowy, zezwalając im na wykorzystanie w ten dzień wolnego od pracy. 19 maja 2004 roku ETPC zaakceptował ugodę w sprawie Lotter i Lotter przeciw Bułgarii. Władze zapewniły Świadkom prawo do praktykowania religii oraz wyrażania swoich przekonań bez przeszkód. 9 października 2004 roku otwarto Biuro Oddziału w Sofii. Budowa obiektu trwała od 2001 roku. Od 1995 roku Biuro mieściło się w wynajętych budynkach w Dragalevtsi (dzielnica Sofii)).