Wody Sieć rzeczna kraju jest dobrze rozwinięta, a wszystkie rzeki należą do zlewiska Oceanu Spokojnego. Rzeki są zasobne w wody i cechują się wysokim przyborem w czasie największych opadów jakie występują latem. Część rzek Salwadoru wypływa z terytorium Hondurasu i Gwatemali, jedną z takich rzek jest Lempa. Lempa jest największą rzeką kraju, a jej długość wynosi 260 km. Inne większe rzeki to: San Miguel, Sonsonate, Jiboa i Torola. Wszystkie te rzeki i wiele innych, to rzeki krótkie, które na znacznym swym odcinku mają górski charakter.
Na obszarze kraju liczne są jeziora, gdzie wszystkie są pochodzenia wulkanicznego. Największe z nich – Lago de Ilopango leży w centralnej części kraju i ma powierzchnię 72 km². Pozostałe jeziora to: Güija (45 km²) i jezioro kraterowe Coatepeque (24 km²). Istnieje duża liczba niewielkich jezior, które leżą w kraterach wygasłych i uśpionych wulkanów.
Gleby Salwador należ do środkowoamerykańskiej krainy glebowej. Stoki górskie pokryte są czerwonymi glebami feralitowymi, a w wyższych partiach gór występują łąkowe gleby górskie. W kotlinach górskich, na terenach wyżynnych, a także w dolinach rzek wykształciły się gleby z popiołów i law wulkanicznych.