rocznicę bitwy grunwaldzkiej. Tłumaczył, że jest przeciwnikiem „patriotyzmu ulicznego”.
15 kwietnia 1901 przez papieża Leona XIII został mianowany kardynałem prezbiterem z kościołem tytularnym San Vitale. Podczas konklawe w 1903 zgłosił w imieniu cesarza Franciszka Józefa I (któremu zawdzięczał wybór na kardynała) protest zwany ekskluzywą wobec próby wyboru na papieża kardynała Mariana Rampolli del Tindaro. Zgłoszenie protestu miało wynikać z nieprzychylnego stosunku władcy Austro-Węgier Franciszka Józefa do Rampollego, który opowiadał się przeciwko katolickiemu pochówkowi syna cesarza – Rudolfa, zmarłego śmiercią samobójczą. Niedoszły papież wspierał także nastawione wrogo do Franciszka Józefa środowiska w Austro-Węgrzech. Protest zgłoszony przez kardynała Puzynę był ostatnią ekskluzywą w historii Kościoła. Rok później Pius X w konstytucji Commissum Nobis zniósł prawo ekskluzywy.
W 1902 był głównym konsekratorem arcybiskupa ormiańskokatolickiego Józefa Teodorowicza.
W 1904 roku został odznaczony Krzyżem Wielkim Orderu Świętego Stefana.
Został pochowany w katedrze wawelskiej w kaplicy pw. Niepokalanego Poczęcia NMP.
Przypisy X. Jan Kardynał Puzyna. Książę Biskup krakowski Czas 1911 nr 409 z 9 września s. 1.
Bibliografia Zgon kardynała Puzyny. „Nowości Illustrowane”. 37, s.