Po zakończeniu wojny o niepodległość meczet stał opuszczony i niszczał. Większość arabskich mieszkańców Jafy i osiedla Menaszijja uciekła podczas wojny do Strefy Gazy (pod okupacją Egiptu), gdzie mieszkali w obozach uchodźców palestyńskich. Wiele ich domów została zburzona bezpośrednio po 1948. Inne wyburzono podczas wdrażania planu rozbudowy Tel Awiwu w 1960. W rezultacie, z całego osiedla Menaszijja pozostały jedynie dwa budynki: meczet Hassan Bek oraz budynek w którym utworzono Muzeum Niepodległości Ecel. Meczet ocalał, ponieważ władze miejskie uznały, że jego zniszczenie byłoby profanacją świętego miejsca muzułmanów. W rezultacie, opuszczony i niszczejący meczet stał się ulubionym miejscem przebywania włóczęgów i narkomanów.
W 1965 w Izraelu utworzono arabskie komitety do opieki nad świętymi meczetami w miastach mieszanych. W listopadzie 1967 komitet taki powstał w Jafie. Jego działalność była jednak bardzo mocno ograniczona, głównie z powodu nieufności ze strony arabskiej społeczności i braku zaufania dla izraelskich władz. W tym okresie rozkradziono drzwi, okna i marmurowe podłogi meczetu. W 1979 losem niszczejącego meczetu zainteresował się Samuel Toledano, doradca do spraw arabskich burmistrza Tel Awiwu, Jehoszua Rabinowica.