Sprawiedliwość społeczna i teologia wyzwolenia W latach 1988–2002 Müller każdego lata przez kilka tygodni pracował duszpastersko w różnych krajach Ameryki Południowej, szczególnie w Peru – w okolicach Lares w rejonie Cusco oraz w ubogich dzielnicach Limy.
Krytykował nie tylko warunki życia tamtejszej ubogiej ludności i panujące nierówności społeczne, ale również bierność i brak zaangażowania części miejscowego duchowieństwa. Opowiadał się za teologią wyzwolenia w duchu Gustavo Gutiérreza, której celem powinna być konkretna walka o uwolnienie ludzi od ubóstwa i życia w niegodnych warunkach. Choć dostrzega pewne podobieństwa w terminologii i analizach teologii wyzwolenia i marksizmu, sprzeciwia się ideologicznemu zawłaszczeniu Kościoła przez nurty rewolucyjno-społeczne.
Zgodnie z katolicką nauką społeczną Müller opowiada się za solidarnym, sprawiedliwym i humanitarnym społeczeństwem oraz za zasadą własności zobowiązanej. Popiera ideę państwa opiekuńczego, szczególnie wobec osób starszych i chorych;