W sierpniu 1927 założył spółdzielnię rolniczą „Związek Samopomocy Chłopskiej” działającą przy Zarządzie Wojewódzkim SCh w Lublinie, a podczas odbywającego się w dniach 6-7 listopada zjazdu Zrzeszenia Gmin Wiejskich był jednym z 18 założycieli Komitetu Lewicy Chłopskiej.

23 grudnia 1927 Zarząd Główny Stronnictwa Chłopskiego wykluczył go z partii, w związku z czym założony przez Wójtowicza Związek Samopomocy Chłopskiej przekształcił się w odrębną partię polityczną – Zjednoczenie Lewicy Chłopskiej „Samopomoc”. W wyborach z 4 marca 1928 roku uzyskał 18 122 głosy, obejmując w okręgu lubelskim jedyny dla Zjednoczenia mandat poselski. W sierpniu 1928 wziął udział w zjeździe III Międzynarodówki, chcąc przeprowadzić rozmowy z przebywającymi wówczas w Moskwie byłymi działaczami Niezależnej Partii Chłopskiej (m.in. Sylwester Wojewódzki, Alfred Fiderkiewicz), a 14 września objął funkcję prezesa Zarządu Głównego ZLCh Samopomoc.

W dniach 3-4 lipca 1929 roku wziął udział w Europejskiej Konferencji Chłopskiej w Berlinie, pełniąc funkcję przewodniczącego konferencji;