11 października 1994 roku sonda została skierowana w atmosferę planety, gdzie częściowo spłonęła 13 lub 14 października. Przypuszcza się, że niektóre jej fragmenty mogły opaść na powierzchnię. Ostatni sygnał z sondy odebrano 12 października o 10:02 UTC.
Konstrukcja Kadłub Magellana, długi na 4,6 m, zakończony został anteną paraboliczną wysokiego zysku o średnicy 3,7 metra. Służyła ona do komunikacji z Ziemią oraz jako antena radaru. Całkowita wysokość statku wynosiła 6,4 m. Sondę wyposażono w dwa kwadratowe panele baterii słonecznych, których rozpiętość wynosiła 9,2 m. Dostarczały one 1200 W mocy na początku, a 1029 W pod koniec misji. Energię gromadziły akumulatory niklowo-kadmowe o pojemności 30 Ah każdy. Wraz z członem napędowym i paliwem Magellan ważył podczas startu 3460 kilogramów. Sama sonda bez paliwa ważyła 1035 kg. Magellan był stabilizowany trójosiowo przy użyciu trzech kół reakcyjnych.