Ostoja jest obszarem węzłowym w miejscu przecięcia korytarzy ekologicznych łączących kompleks główny Poleskiego Parku Narodowego z jego eksklawą na terenie Bagna Bubnów oraz Sobiborski Park Krajobrazowy.
Obszar jest zagrożony przede wszystkim melioracjami i eutrofizacją wód powierzchniowych.
Siedliska Ostoja Krowie Bagno w 41% pokryta jest siedliskami łąkowymi i zaroślowymi, 39% mokradłami, 15% lasami liściastymi i w 5% siedliskami rolniczymi.
Na terenie ostoi stwierdzono występowanie następujących siedlisk przyrodniczych: zmiennowilgotne łąki trzęślicowe (Molinion) – 20% obszaru, niżowe świeże łąki użytkowane ekstensywnie (Arrhenatherion elatioris) – 10% starorzecza i naturalne eutroficzne zbiorniki wodne ze zbiorowiskami z Nympheion, Potamion – 8% torfowiska przejściowe i trzęsawiska (przeważnie z roślinnością z klasy Scheuchzerio-Caricetea) – 5% nizinne torfowiska zasadowe o charakterze młak, turzycowisk i mechowisk – 5% obniżenia na podłożu torfowym z roślinnością ze związku Rhynchosporion – 1,5%