Zachowują się natomiast pojedyncze mieszki włosowe. O ile płód walenika ma jeszcze włosy, u dorosłych zachowują się same mieszki, a niekiedy i włosy. Szczęka ma ich do pięciu, żuchwa 4–5. Podczas rozwoju proporcje czaszki walenika małego pozostają względnie stałe; w konsekwencji dorosłe zwierzę pod ich względem przypomina osobniki młodociane, a nawet płody.
Pewne odmienności przedstawia kręgosłup walenika. Siedem kręgów szyjnych zrasta się ze sobą, ograniczając ruchomość szyi. Następnie następuje 18 kręgów piersiowych z żebrami o główkowatych głowach, więcej niż u innych waleni. Kręg lędźwiowy jest tylko jeden. Ciało wieńczy ogon zaopatrzony w rozdzieloną płetwę szerokości od 24 do 39% długości ciała. Karb pośrodkowo liczy 5–9 cm. Budowa wewnętrzna przedstawia pewne odmienności w porównaniu do walowatych. Wątroba jest względnie większa, zaś serce i płuca mniejsze, niż u walenia, co może wiązać się z odmiennym nurkowaniem. Samica ma parę sutków ulokowanych w szczelinach urogenitalnych. W pomiarze przeprowadzonym w zaawansowanej ciąży mierzyły 80–90 cm, nie produkując jeszcze mleka. Samiec natomiast dysponuje jądrami ważącymi 0,9–1 kg.
Przednie, czteropalczaste płetwy są dość krótkie. Mierzą od 6 do 17% długości ciała. Tak jak inne walenie, C.