Zakłada się, że w przyszłości konektom może opisywać sieć neuronalną na wyższych niż obecnie definiowane poziomach szczegółowości.
Konektom w makroskali - obejmuje połączenia i struktury w rozdzielczości przestrzennej do 1 milimetra. Podstawowymi węzłami sieci na tym poziomie połączeń w układzie nerwowym są specyficzne jądra i ośrodki mózgowe oraz poszczególne obszary kory.
Konektom w mezoskali - definiowany jest w rozdzielczości przestrzennej około kilkuset mikrometrów. Na tym poziomie podstawowym elementem sieci mogą być dystynktywne populacje neuronów i/lub komórki ułożone w wyodrębniające się struktury - na przykład kolumny neuronalne w korze mózgowej.
Konektom w mikroskali - dotyczy rozdzielczości przestrzennej 1 mikrometra. Węzłem podstawowym połączeń na tym poziomie są pojedyncze neurony.
Przyszłe - jeszcze bardziej dokładne - poziomy opisu konektomu mogą zawierać również dane obejmujące właściwości molekularne pojedynczych neuronów.