Ostateczny upadek arcybiskupstwa rozpoczął się w XV wieku Arcybiskup Henryk ze Schwarzburga był jednocześnie biskupem Münsteru i podczas jego niemal ciągłej nieobecności w Bremie stolica diecezji praktycznie ostatecznie wyswobodziła się spod władzy biskupiej, kraj niszczał, rosło też niezadowolenie ludności. Koniecznej uwagi arcybiskupstwu nie poświęcił też arcybiskup Krzysztof z Brunszwiku-Lüneburga, koncentrujący się na drugim swoim stanowisku, biskupa Verden. To za jego czasów nastąpił wybuch reformacji, której szybko uległa Brema (wygnano zeń księży katolickich, w tym także kapitułę katedralną – ta ostatnia mogła wrócić do miasta dopiero w 1533 roku). Miasto przyłączyło się do związku szmalkaldzkiego i stało się ważnym ośrodkiem nowego nurtu religijnego, mimo prób przeciwdziałania przez arcybiskupa. Wyboru jego następcy, Jerzego z Brunszwiku-Lüneburga, dokonała w 1558 kapituła zdominowana przez protestantów, za jego episkopatu cała diecezja została ostatecznie przez nich zdominowana.