Objął urząd 1 stycznia 2011, minutę po północy (zgodnie z przepisem prawa stanowego, iż kadencja gubernatora rozpoczyna się wraz z początkiem roku).

Jako gubernator stanu Nowy Jork, 22 stycznia 2019 roku zatwierdził ustawę umożliwiającą dokonywanie aborcji nawet w dziewiątym miesiącu ciąży w przypadku podejrzeń zagrożenia zdrowia i życia matki, a także poważnej choroby płodu, przez co spotkał się ze znaczącą krytyką działaczy pro-life. Jako że Cuomo jest katolikiem, biskup Albany, Edward B. Scharfenberger, poruszył kwestię jego ekskomuniki w związku z tą sprawą.

Cuomo był przez trzynaście lat żonaty z Kerry Kennedy, córką Roberta F. Kennedy’ego. Mają wspólnie trzy córki (bliźniaczki Cara i Mariah oraz Michaela). Związek zakończył się rozwodem w 2005 roku. W latach 2005–2019 był w nieformalnym związku z Sandrą Lee, autorką książek i programów telewizyjnych o tematyce kulinarnejAG Andrew Dating Foodie, "The New York Post", 2008-12-08 [dostęp 2011-01-22].