Ze względu na odważną krytykę amerykańskiego stanowiska, uzasadniającego wojnę w Iraku rzekomą obecnością tajnych składów broni jądrowej w tym regionie, el-Baradei stał się obiektem bardzo ostrych ataków ze strony rządu George’a W. Busha, który m.in. przez wiele miesięcy starał się zablokować jego ponowny wybór na stanowisko dyrektora generalnego IAEA. Amerykanie zarzucali ponadto Muhammadowi el-Baradei, że niedostatecznie wyraźnie potępił irański program nuklearny. Rząd USA zaniechał tych ataków dopiero po spotkaniu Muhammada el-Baradei z sekretarz stanu Condoleezzą Rice.
Podczas negocjacji z Iranem pojawiły się plotki, że żona el-Baradeia jest Iranką, co mogłoby podważać jego obiektywność, jednak IAEA natychmiast zdecydowanie to zdementowała.
Wraz z kierowaną przez siebie IAEA został laureatem Pokojowej Nagrody Nobla w 2005 r.