Klimat Wyspa leży w strefie klimatu równikowego, który jest kształtowany przez północno-wschodnie pasaty. Temperatury są typowe dla obszarów równikowych. Średnia roczna wynosi 25 °C. Dobowe i roczne wahania są niewielkie. Opady są wysokie, średnia roczna suma opadów przekracza 1 000 mm. Wyspa nawiedzana jest przez cyklony tropikalne.
Wody Sieć rzeczna nie istnieje. Jest to spowodowane wielkością wyspy, równinnym krajobrazem i wapiennym podłożem. Wyspa cechuje się całkowitym brakiem wód powierzchniowych.
250px|thumb|Wybrzeże Navassy
Gleby Navassa należy do karaibskiej krainy glebowej i jest pokryta glebami ferralitowymi.
Flora i fauna Roślinność ogólnie jest dosyć dobrze zachowana ze względu na to, że wyspa jest niezamieszkana. Ponadto nie prowadzi się na niej żadnej działalności rolniczej, ani przemysłowej, która mogłaby spowodować straty w ekosystemie. Wyspę porastają tropikalne lasy, które są ubogie gatunkowo oraz zarośla. W roku 2000 Haitańczycy spalili około 200 ha lasów, a tereny te wykorzystali pod uprawę arbuzów i kukurydzy.