Zabiegi o uruchomienie uniwersytetu spotkały się jednak z oporem władz centralnych. Delegacja, która konferowała z pruskim ministrem kultury Ludwigiem Aegidi nie uzyskała jednoznacznej odpowiedzi. Pomysł otwarcia uniwersytetu w Bydgoszczy uznano za słuszny, lecz nierealny z powodu braku środowiska i niezbędnych fundamentów istnienia wyższej uczelni. Dodatkowo tym samym czasie polska frakcja w parlamencie pruskim wnioskowała o utworzenie uniwersytetu w Poznaniu, wówczas stolicy prowincji. Wniosek ten umieszczono w porządku obrad posiedzenia parlamentu zaplanowanego na 15 stycznia 1873 r. Boie usiłował jeszcze przeciwdziałać tej inicjatywie, ubiegając się aby zmienić treść złożonego wniosku i za siedzibę uniwersytetu obrać Bydgoszcz, nie Poznań. Jego pismo w tej sprawie skierowane do parlamentu 9 stycznia 1873 r. pozostało bez echa. Ostatecznie oba wnioski, bydgoski i poznański parlament odrzucił. Wystąpili przeciw niemu posłowie niemieccy.
Reinhold Boie pozostał na stanowisku nadburmistrza Bydgoszczy do 30 kwietnia 1877 r., opuszczając je przed upływem 12-letniej kadencji. Następnie z powodzeniem kandydował w wyborach II burmistrza Poczdamu. W latach 1880–1897 pełnił funkcje nadburmistrza w tym mieście. Zmarł 17 maja 1907 r.