Ukształtowanie poziome Linia brzegowa wyspy jest słabo rozwinięta, jedynie południowe i zachodnie wybrzeże posiada niewielkie zatoki i półwyspy. Północne wybrzeże cechuje się słabo zaznaczonymi zatokami. Wybrzeże jest niskie, w większości plażowe, miejscami na południu jest lagunowe. Do Portoryko należy także kilka mniejszych wysp i wysepek, leżących w odległości od 30 do 50 km od wybrzeży Portoryko. Największe to: Culebra, Vieques i Mona.
Budowa geologiczna Portoryko leży w północno-wschodniej części płyty karaibskiej i należy do struktury Wielkich Antyli. Trzon wyspy stanowią sfałdowane w orogenezie alpejskiej góry, które powstały w wyniku kolizji płyt: karaibskiej i północnoamerykańskiej. Górotwory mają przebieg mniej więcej równoleżnikowy i są zbudowane ze skał kredowych i trzeciorzędowych. Utwory kredowe reprezentowane są przez ultramality i wulkanity, oraz fragmenty intruzji magmowych. Wyspę budują ponadto różne skały osadowe. Większość skał osadowych to skały pochodzące z oligocenu, miocenu i pliocenu. Obszary wybrzeża to regiony gdzie występują wapienne osady pochodzące z czwartorzędu. Portoryko posiada wiele zasobów naturalnych jak nikiel czy platyna.
310px|right|thumb|Górzyste wnętrze wyspy