thumb|upright|left|Prezydent Egiptu, Husni Mubarak, 2009 Od 1981, przez cały okres rządów Mubaraka, w Egipcie obowiązuje stan wyjątkowy. Zapewnia on służbom bezpieczeństwa szerokie kompetencje. Umożliwia aresztowania i więzienie bez wyroku sądowego przez dłuższy okres, rewizje bez nakazu sądowego, a także ograniczanie wolności i swobód obywatelskich. Utrzymywanie takiego stanu władze uzasadniają koniecznością walki z islamskim terroryzmem. Organizacje ochrony praw człowieka niejednokrotnie występowały z mocną krytyką jego przedłużania na kolejne lata. Egipska Organizacja Praw Człowieka uznała obowiązywanie stanu wyjątkowego za główną przyczynę naruszeń praw człowieka w Egipcie. Według Komisji ds. Międzynarodowej Wolności Religijnej w sprawozdaniu za rok 2010, Egipt zajmował drugie miejsce w rankingu wśród krajów, które naruszają wolność religijną. Dyskryminacja i łamanie praw człowieka w tym obszarze dotykały głównie: koptyjskich chrześcijan, bahaistów, szyickich muzułmanów, Żydów, Świadków Jehowy i członków sekty islamu koranicznego.