W ramach Konferencji Episkopatu Polski był w latach 1987–2004 przewodniczącym Komisji ds. Duszpasterstwa Akademickiego. Pełnił również funkcje przewodniczącego Komisji ds. Akcji Katolickiej, Komisji ds. Konstytucji Rzeczypospolitej i Rady ds. Polonii i Polaków za Granicą. Był także wiceprzewodniczącym Komisji ds. Duszpasterstwa Ogólnego oraz Komisji ds. Duszpasterstwa Świeckich. W 1999 został wiceprzewodniczącym Konferencji Episkopatu Polski. W latach 2004–2014 przez dwie kadencje pełnił funkcję przewodniczącego Konferencji Episkopatu Polski. Został referentem ds. Biskupów Emerytów.
We wrześniu 2005 w Fuldzie podpisał wspólnie z przewodniczącym Konferencji Episkopatu Niemiec kardynałem Karlem Lehmannem oświadczenie biskupów polskich i niemieckich, wydane z okazji 40. rocznicy listu biskupów polskich do biskupów niemieckich. Natomiast w sierpniu 2009 podpisał wspólnie z kolejnym przewodniczącym Konferencji Episkopatu Niemiec arcybiskupem Robertem Zollitschem oświadczenie w 70. rocznicę wybuchu II wojny światowej. W czerwcu 2005 w trakcie mszy świętej na Placu Marszałka Józefa Piłsudskiego w Warszawie, kończącej III Kongres Eucharystyczny, wraz z kardynałem Lubomyrem Huzarem, zwierzchnikiem Ukraińskiej Cerkwi greckokatolickiej, odmówił modlitwę pojednania.