Temperatury mają przebieg typowy dla klimatu równikowego, gdzie średnia roczna wynosi około 26 °C. W półroczu zimowym średnie wartości 24-26 °C, zaś w letnim sięgają 30 °C, a najwyższe wartości wynoszą 32 °C. Amplitudy dobowe są niewielkie. Opady na wyspie są wysokie, gdzie średnia roczna przekracza 1 000 mm. Występują dwie pory roku: sucha i deszczowa. W półroczu letnim opady są największe, a najmniej deszczu spada w okresie zimowym. Saint Barthélemy leży na trasie cyklonów tropikalnych.
Wody Sieć rzeczna nie istnieje. Wody powierzchniowe ograniczają się do kilku niewielkich jezior.
300px|right|thumb|Zdjęcie satelitarne wypsy
Gleby Saint Barthélemy należy do karaibskiej krainy glebowej. Dominują żyzne gleby czerwone.
Flora i fauna Roślinność w wielu miejscach została zdegradowana, lub przekształcona przez człowieka. Na wyspie rośnie duża liczba gatunków drzew i krzewów sprowadzonych z innych krajów. Powszechną formacją roślinną jest zwrotnikowa roślinność krzaczasta. Na wyspie nie ma lasów, poza niewielkimi skupiskami drzew. Głównymi drzewami wyspy są palmy do których należą palma kokosowa i Sabal. Przybrzeżne wyspy są niemal pozbawione roślinności. Wokół wyspy rosną rafy koralowe.
Saint Barthélemy należy do antylskiej krainy neotropikalnej.