29 stycznia 2011, po dymisji rządu Ahmada Nazifa w czasie protestów społecznych, prezydent Hosni Mubarak mianował go nowym szefem rządu. 3 marca Rada Najwyższa Sił Zbrojnych, która przejęła władzę nad krajem po dymisji Mubaraka zdecydowała się przyjąć rezygnację premiera Ahmada Szafika, którego ustąpienia domagała się opozycja i powierzyć funkcję premiera ministrowi transportu w latach 2004–2006, Isamowi Szarafowi.
W kwietniu 2012 Ahmad Szafik zgłosił swoją kandydaturę jako kandydat niezależny w wyborach prezydenckich. Choć początkowo została ona odrzucona przez komisję wyborczą, jako niezgodna z uchwalonym przez parlament prawem zakazującym kandydowania byłym urzędnikom państwowym z czasów prezydentury Mubaraka, ostatecznie został dopuszczony do udziału w wyborach przez Sąd Najwyższy, który w czerwcu 2012 uznał wspomniane prawo za niezgodne z konstytucją. 26 kwietnia 2012 Szafik został oficjalnie jednym z trzynastu kandydatów do urzędu prezydenckiego. Przez wielu komentatorów uważany był za człowieka dawnego reżimu, czemu jednak sam zaprzeczał