Po reformie samorządowej przeprowadzonej w niepodległej Słowenii Koper otrzymał w 1994 roku status gminy miejskiej.
Terytorium gminy obejmowało pierwotnie również Ankaran. W referendum przeprowadzonym w 2009 roku większość uczestniczących mieszkańców Ankaranu opowiedziała się za utworzeniem odrębnej gminy. Słoweński parlament nie przyjął jednak ustawy dokonującej podziału Kopru. W orzeczeniu z 9 czerwca 2011 roku Sąd Konstytucyjny Republiki Słowenii stwierdził, że odmowa utworzenia gminy naruszała konstytucję, i sam ustanowił gminę Ankaran na obszarze dotychczasowej miejscowości oraz wspólnoty lokalnej Ankaran.
Pierwsze wybory do władz Ankaranu odbyły się razem z wyborami samorządowymi w 2014 roku. Od 1 stycznia 2015 roku nowa gmina zaczęła funkcjonować samodzielnie, a jej obszar i mieszkańcy przestali być ujmowani w danych statystycznych gminy miejskiej Koper. Wydzielenie Ankaranu zmniejszyło terytorium Kopru o około 8 km² oraz liczbę jego mieszkańców o ponad 3 tys..